Ниннинджеры получают приглашение в Страну Чудес Ниндзя, где они могут повстречать легендарных ниндзя Хаттори Ханзо, Фуму Котаро и Сарутоби Саске. Однако они оказываются на борту Ёкай Экспресса. Cпасает их лишь команда, некогда воевавшая с тьмой Токкюджеры.Они открывают тайну: Страна Чудес Ниндзя есть Темная Страна Ниндзя. Слуга Теневой Линии, Темный Доктор Мабуро, создал клонов легендарных ниндзя, чтобы заманить сюда Ниннинджеров. Такахару становится Темным Красным Ниндзя, после чего исчезает.И только оставшиеся Ниннинджеры с помощью Токкюджеров могут вернуть его и спасти мир от тьмы.